Le proprietà del cristallo di ametista sono profondamente connesse al chakra del terzo occhio, il centro della spiritualità e dell'intuizione, e al chakra della corona, il chakra che governa la nostra connessione con l'universo. Il significato del cristallo viola dell'ametista è associato ai centri energetici. Questo aiuta a spiegare perché il cristallo di ametista è una pietra così potente per bilanciare, aprire e attivare i chakra del terzo occhio e della corona.