Egenskaperna hos ametistkristallen är djupt kopplade till det tredje ögats chakra, centrum för andlighet och intuition, och kronchakrat, chakrat som styr vår koppling till universum. Den lila kristallens betydelse av ametist är associerad med energicentra. Detta hjälper till att förklara varför ametistkristallen är en så kraftfull sten för att balansera, öppna och aktivera det tredje ögat och kronchakrana.