De eigenschappen van Amethistkristal zijn diep verbonden met het derde oogchakra, het centrum van spiritualiteit en intuïtie, en het kruinchakra, het chakra dat onze verbinding met het universum beheerst. De paarse kristalbetekenis van Amethist wordt geassocieerd met energiecentra. Dit helpt te verklaren waarom Amethistkristal zo'n krachtige steen is om het derde oog- en kruinchakra in balans te brengen, te openen en te activeren.