Egenskaberne ved ametystkrystallen er dybt forbundet med det tredje øje-chakra, centrum for spiritualitet og intuition, og kronechakraet, chakraet der styrer vores forbindelse til universet. Den lilla krystalbetydning af ametyst er forbundet med energicentre. Dette hjælper med at forklare, hvorfor ametystkrystallen er en så kraftfuld sten til at balancere, åbne og aktivere det tredje øje og kronechakraerne.